錯頜畸形形成因素及其機理是錯綜複雜的。其發生的過程可能由單一因素或單一機理在起作用，但也可能是多種因素或多種機理共同作用的結果。這些因素影響到頜面部的骨骼、神經、肌肉、牙齒和軟組織的生長發育，使其發生異常改變，繼而形成錯頜畸形。
錯頜畸形的發病因素一般為遺傳因素和獲得性因素兩大類。遺傳因素主要為種族演化和退化。遺傳因素大約占30%,獲得性因素占70%。根據我國北京大學口腔正畸科調查研究，共列出錯頜病因12項。如乳牙早失、不良習慣、多生牙、先天性缺失牙、乳牙滯留、乳尖牙磨耗不足，全身因素和局部疾病因素等。其中最主要的有3個：
①替牙障礙。乳恒牙替換是兒童生長發育的重要階段。如果乳恒牙替換發生障礙，引起的錯頜畸形在病因分析中占36.8%
②先天因素。在未出生前，母親的營養不良，全身性疾病及某些家族的遺傳因素都會影響胎兒的全身和口腔頜面部的發育不良。遺傳因素在病因分析中占29.4%
③不良習慣。多數為吮指習慣、舌習慣、唇習慣、咬物習慣、不良吞咽習慣，偏側咀嚼習慣等。常可影響口腔有關肌肉，上下頜骨及牙齒咬合關係的畸形。在病因分析中占16.1%。
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