下面是臨床常見的智齒拔除指征。
（1）齲齒（蛀牙）：如果智齒廳壞，除了很簡單的、咬合面不深的蛀牙可以補之外，那些鄰接面蛀牙,以及蛀得很深，甚至需要根管治療的，我們一般建議拔除，杜絕後患。
（2）造成鄰牙病變：通常患者不自知，而由牙醫以X光診斷得知。通常智齒萌出的空間不足，而會倒在第二磨牙上，因而造成第二磨牙清潔不易，甚至是牙齒部分吸收的現象，造成患者不舒適或牙疼。
（3）空間不足引起冠周炎症：智齒在人類的演化史上，是趨於退化的狀態。因此牙弓也越來越小，空間不足的情況是很常見的。萌出時患者會有腫脹、疼痛感。為了避免此種情況再次發生，建議在炎症消退後儘快到醫院拔除。
（4）局部不易清潔：由於空間不足的關係，智齒通常位置不正，因此常造成清潔牙齒的困難，以致發生蛀牙現象。
（5）無對咬牙：不是每個人四顆智齒都會長齊的.所以，智齒的對面,如果沒有相抗衡的智齒來對咬的話，有時會發生智齒過度萌發伸長現象,進而影響咬合，此時應拔除智齒。
（6）智齒阻生：通常這是最麻煩的一種。這種類型的牙齒通常埋在牙槽骨的裏面，如果經常發生炎症，或是診斷會有病灶發生的時候，就必須拔除了。
（7）引起其他病變：如果智齒引起牙源性囊腫或腫瘤發生，就需要拔除。
（8）正畸需要：為了保證正畸治療的效果，通常要拔出智齒。
（9）其他：因阻生疑為不明原因的神經痛病因者，或可疑為病灶牙時，亦應拔除。
維港口腔連鎖表示，智齒若確定不能正常萌出，應儘早拔除。
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