導致牙齒發黃、發黑的原因有很多，通常分為外源性和內源性兩種。
(一)外源性色素牙一般是由細菌造成的
外源性牙齒色素沉澱造成的牙齒發黑是由於牙齒表面存在多種細菌，在牙齒表面分泌許多黏性物質，使牙齒表面變得粗糙，色素容易沉積；或者由於牙齒排列不齊，不容易清潔，造成食物殘渣附著在牙齒上；另外也可能和小孩體質相關，如唾液成分濃、流速慢、唾液量小，導致色素容易沉著；飲食衛生習慣亦對其有影響，如吃甜的、黏性、有色的食物後不及時刷牙、漱口等。當牙齒出現齲壞後，將促使色素沉著更快更嚴重，牙齒醺壞和色素沉著可相互影響、相互促進。
(二)內源性色素牙一般是發育過程中慢慢形成的
內源性色素牙是在牙齒發育過程中形成的，如四環素沉積在牙本質內，就會使得牙齒變成黃色或暗灰色，稱為四環素牙；如果飲用水中含氟過多，也可能導致氟斑牙，牙面有棕褐色斑塊。
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